一、线粒体DNA在法医学中的应用及其研究进展（论文文献综述）
张昊,胡锡阶,余丽梅[1]（2021）在《新一代测序技术在法医遗传学中的应用与研究进展》文中提出新一代测序（next generation sequencing, NGS）技术在第一代测序技术的基础上不断改良和创新, 具有通量高、速度快、灵敏度高、可定量和成本低等显着优势。近年来, 随着NGS技术迅猛发展, 新的分型检测技术和遗传标记不断运用到法医遗传学领域, 为DNA多态性检测提供了更多科学技术手段。NGS技术可联合检测STR、SNP、mtDNA和Indel等多种法医遗传标记, 在微量、降解、混合生物学检材和复杂亲缘关系鉴定等案件中, 能够获取更丰富有效的遗传信息, 不但提高了遗传标记的鉴别效能, 也拓宽了DNA鉴定技术的检测范围。本文主要综述了NGS技术在法医遗传学领域的应用和最新研究进展及面临的问题。
田娜[2]（2020）在《《中国药典》动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法研究》文中提出动物药材是中药资源的重要组成部分。与植物药材相比,动物药材常为多基原,多缺乏专属性次生代谢产物。其基原不清、专属性鉴别手段缺乏,一直是动物药材鉴别的难点。近年来,随着分子鉴定技术的发展,多种DNA鉴别手段已用于动物药材的真伪鉴别,特异性PCR技术、DNA条形码技术等先后被《中国药典》收载,成为法定检测依据。然而,这些DNA鉴别方法难以兼顾通用性和特异性,且目前的这些DNA鉴别方法只关注“鉴真”的问题,无法检出是否同时存在混伪品,限制了其进一步推广及应用。本研究根据动物药材自身特点,基于STR分型原理,建立了一种简单易用,既具通用性又具特异性的通用DNA指纹图谱鉴别方法,用于动物药材正伪鉴别、正伪掺杂品鉴别与正伪掺杂品定量鉴别。主要研究内容和结果如下:一、2015年版《中国药典》一部收载的动物药材来源于14个纲78个物种。本研究首先对《中国药典》一部收载的动物药材进行全面收集（包括原动物样本、中检院的对照药材）,本研究收集到了48味动物药材,59个物种。每个物种至少三个重复,共获得样品174批。样品经形态鉴别,并通过DNA测序佐证,以保证其物种基原的准确性。通过分析Genbank下载的57个动物药材全线粒体基因组序列,进行序列对齐后分析获得同源基因,从同源基因高变异区域两端保守序列设计出16对通用扩增引物,进行扩增成功率和荧光STR分型成功率测试,最终筛选出4对可在2015年版《中国药典》一部动物药材中成功获得STR分型鉴别图谱的通用引物对。用筛选出的引物对动物药材进行荧光STR分型,获得2015年版《中国药典》一部中动物药材物种DNA指纹图谱鉴别数据集,各物种具有不同的鉴别图谱,可相互鉴别。二、以胆粉类药材为例,阐述动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法对真伪及掺杂药材的鉴别应用。收集猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、蛇、熊、鱼原动物或胆粉样本,提取DNA,使用筛选出的荧光素标记的引物对12S-L1091/12S-H1478和16S-L3428/16S-H3667进行PCR扩增、荧光STR分型和数据分析。结果各物种的STR指纹图谱不同,可进行物种鉴别,且DNA指纹图谱上能同时反映正品和伪品的信息,可鉴别正伪掺杂品。混合样品STR图谱迁移峰具共显性,能够同时显示出多个扩增片段信息,且多个样本混合的多元掺杂胆粉样本（猪胆粉、牛胆粉、羊胆粉、鸡胆粉、鸭胆粉、鹅胆粉、蛇胆粉、鱼胆粉、熊胆粉）的鉴别中,DNA指纹图谱可以同时显示出各物种相应的迁移峰。三、以复杂的多基原地龙类药材鉴别为例,探索动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法在复杂近缘物种中的种属鉴别及对正伪掺杂样品的定量（半定量）鉴别潜力。收集地龙类药材（15个物种,175批样品）,进行DNA提取后,用筛选出的三对通用DNA指纹图谱鉴别引物（12S-L1739/12S-H2175,12S-L1091/12S-H1478和16S-L3428/16S-H3667）对地龙类动物药材进行荧光STR分型和数据分析,获得DNA指纹图谱。结果4种地龙正品参环毛蚓、通俗环毛蚓、威廉环毛蚓、栉盲环毛蚓使用以上三对引物分别出现389.7,396.2,394.7,391.4 bp（引物12S-L1739/12S-H2175）;410.9,416.7,415.9,411.8 bp（引物12S-L1091/12S-H1478）;162.8,164.1,164.2,163.7 bp（引物16S-L3428/16S-H3667）的迁移峰,11种伪品均出现与正品迁移位置不同的迁移峰,通过3对通用STR分型结果形成的DNA指纹图谱,可以准确鉴别地龙正品及混伪品的物种基原。按照11种不同的浓度比例将正品地龙与伪品地龙DNA混合,通过筛选出的引物12S-L1739/12S-H2175对其进行STR分型。再按照相同的浓度比例将正品地龙与伪品地龙的扩增产物混合并分型,作为混标结果。比较实际、混标实验DNA指纹图谱正品与伪品地龙峰面积比值与混合DNA浓度比值,结果混标实验比例更接近混合DNA的浓度比值。但总体上三者比例相似,实现了地龙类药材正伪掺杂品的定量鉴别。综上所述:本研究初步建立了2015年版《中国药典》一部动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法,并形成了参考DNA指纹图谱集,该方法可实现对动物药材正品、伪品及正伪掺杂品的DNA鉴别,并对正伪掺杂品定量鉴别进行了研究。该方法为动物药材的鉴定研究提供了新方法,为保障临床用药安全、有效奠定了良好基础。
柴家炫[3]（2019）在《幼儿拇指螺（Pollicaria gravida）的分类学研究》文中认为[目的]幼儿拇指螺（Pollicaria gravida）被认为是蛹螺科（Pupinidae）拇指螺属（Pollicaria）的一个物种,至今在国内未见对活体标本进行系统的形态学和分子生物学研究的报道。本课题对采集自云南省元江县的幼儿拇指螺标本进行壳形测量和活体标本解剖,并对其线粒体16S rRNA基因及细胞核18S rRNA和28S rRNA基因片段进行扩增和序列测定,建立幼儿拇指螺与相关类群的16S rDNA、18S rDNA和28S rDNA数据集,计算各类群间的遗传距离,基于最大似然法（ML）、最大简约法（MP）和贝叶斯法（BI）构建各数据集的分子系统发育树,从形态水平和分子水平为明确幼儿拇指螺的分类学地位提供更多依据。[方法]1.云南省元江县实地采集幼儿拇指螺活体标本。2.测量标本的壳高、壳宽、壳口高和壳口宽,运用Excel计算平均值和标准差。3.对幼儿拇指螺活体标本去壳、冲洗标本体表粘液后,在体式显微镜下对幼儿拇指螺进行解剖,观察其结构,并进行记录。绘制幼儿拇指螺的解剖图。4.使用DNA提取试剂盒提取幼儿拇指螺的全基因组DNA,并就16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因的片段进行聚合酶链式反应（PCR）扩增和序列测定。5.在美国生物信息中心（NCBI）网站的GenBank中下载幼儿拇指螺所属的环口螺超科（Cyclophoridae）其他物种的 16S rDNA、18S rDNA 和 28S rDNA 序列。使用Clustal X进行序列比对。运用MEGA X,选择Kimura 2-parameter核苷酸替换模型,分别计算相关类群间16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因的遗传距离,分析碱基突变饱和度。6.运用 MEGA X、PAUP 4.0a165 和 Mrbayes 3.2,以田螺科Bellamya bengalensis和Viviparus georgianus为外群,选择合适核苷酸替换模型,分别基于最大似然法（ML）、最大简约法（MP）和贝叶斯法（BI）构建16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因的单基因片段和联合基因的系统发育树。[结果]1.两次前往云南省元江县采集幼儿拇指螺活体标本分别为37只和7只,共44只。2.所测量标本的壳高、壳宽、壳口高和壳口宽的平均值与现有研究的相关数据进行比较,结果基本一致。3.幼儿拇指螺的解剖结构与现有文献中关于拇指螺属相关物种的描述比对一致。4.通过PCR扩增和测序得到幼儿拇指螺16S rDNA、18S rDNA、28S rDNA片段长度分别为480bp、317bp、609bp,与环口螺超科和外群物种序列比对后获得422bp、366bp 和 773bp。5.幼儿拇指螺同其它类群16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因的遗传距离表明幼儿拇指螺同拇指螺属有较近的亲缘关系。6.获得幼儿拇指螺同其它类群基于16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因的单基因片段和联合基因的ML树、MP树和BI树。[结论]1.幼儿拇指螺的贝壳形态和解剖结构与现有文献中关于拇指螺属和幼儿拇指螺的记录基本一致。2.幼儿拇指螺与蛹螺科拇指螺属物种有较近的亲缘关系。
安雷雷[4]（2018）在《二代测序技术用于3个短串联重复序列分型的初步研究》文中研究说明背景目前,基于荧光标记的聚合酶链式反应-毛细管电泳（polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE）技术用于短串联重复序列（short tandem repeat,STR）遗传标记的分型仍是法医科学领域的主流技术。但是,基于PCR-CE技术的STR分型仅能分析STR遗传标记的长度多态性,长度相同但序列不同的STR等位基因被分型为相同的等位基因;另外,PCR-CE分型技术还会因电泳漂移等因素产生多种干扰峰如off-ladder峰,进一步影响STR等位基因的分型结果。二代测序技术（next generation sequencing,NGS）用于STR遗传标记分型,不仅能分析其长度多态性,更重要的是能够对长度相同但序列不同的STR等位基因进行分型,从而获得更多的遗传多态信息;除此之外,由于NGS直接对序列进行分析通常可以避免因电泳漂移等因素产生的干扰峰。目的本实验以河南汉族群体为研究对象,选择1个常染色体STR基因座—D8S1179和2个快速突变多拷贝Y-STR基因座—DYF404S1a/b（2拷贝）及DYF399S1a/b/c（3拷贝）采用NGS分型。首先,使用NGS技术对D8S1179基因座进行分型,探索并建立NGS用于STR遗传标记分型的条件和方法;同时,结合NGS及PCR-CE技术对2个多拷贝Y-STR基因座进行分型研究,并对比两者分型结果,以期获得STR基因座更多的遗传多态性信息,从而为NGS应用于法医学实践和人类遗传学研究提供技术支持和基础数据。方法1.样本的采集及全基因组DNA提取:在知情同意的情况下,采集河南汉族人群无关男性个体血液样本225例;阳性标准品DNA采用9947A（女性）和9948（男性）两种,超纯水作为阴性对照标准。采用饱和酚-氯仿法提取基因组DNA。2.荧光扩增及PCR产物毛细管电泳技术分型:DYF404S1、DYF399S1基因座标记6-FAM荧光染料（蓝色）,PCR产物采用ABI3130XL遗传分析仪进行分离,等位基因通过GeneMapperID v3.2软件分型。3.等位基因命名及分型标准物制备:分别对3个STR基因座的不同等位基因进行序列分析,根据国际法医遗传学会（ISFG）推荐的原则进行等位基因命名。等位基因分型标准物的制备采用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳-胶回收法。4.二代测序引物设计及测序文库构建:使用primer 5软件设计3个STR基因座特异性引物,在特异性引物两端加上接头。NGS引物合成后通过PCR、琼脂糖凝胶电泳实验验证引物有效性,最终DYF404S1、DYF399S1基因座各得到25对NGS引物;D8S1179基因座得到132对NGS引物。使用BIOO RAPID DNA基因组建库试剂盒进行NGS文库构建,构建完成的文库进行定量和质检。5.二代测序及测序数据分析:NGS文库使用Illumina MiseqTM系统测序,测序完成后得到NGS测序结果原始数据,依靠样本引物中的接头序列辨别、区分每个样本DNA序列。使用基于Linux系统的STRait Razor V2.0软件对每个样本进行等位基因分型。运行STRait Razor之前,录入DYF404S1、DYF399S1、D8S1179基因座等位基因配置文件。基因座等位基因配置文件包括:基因座名称、基因座所在染色体、正向5’端侧翼和3’端侧翼序列、反向5’端侧翼和3’端侧翼序列、核心正反向序列、等位基因及其对应片段大小。6.统计学分析:采用直接计数法分析计算等位基因频率和单倍型频率,法医学应用参数:基因多样性（GD）、个体识别力（DP）、非父排除率（PE）、单倍型多样性（HD）及杂合度（heterozygosity）等。结果1.PCR-CE技术用于河南汉族225例无关男性个体DYF404S1、DYF399S1、D8S1179 3基因座分型。DYF404S1、DYF399S1分别为2拷贝和3拷贝Y-STR基因座。DYF404S1基因座在河南汉族群体中等位基因变化范围为1118,共观察到28种基因型,出现最多的是14/15,占11.9%,其中3例样本出现等位基因异常分型,均表现为3等位基因模式;基因多样性（GD）和个体识别力（DP）分别为0.9408和0.9389。DYF399S1基因座单体型有94种,等位基因范围为1222,其中出现最多的单体型为18/18/18,GD和DP值分别为0.9879和0.9860。D8S1179基因座等位基因范围为917,共26种基因型,杂合度为0.8928,DP为0.8491。2.使用NGS对3个基因座进行等位基因序列分析。先采用引物两端添加接头的技术探索NGS用于D8S1179基因座等位基因的分型方法,以9948为阳性标准品DNA验证NGS分型STR基因座的灵敏度,同时对100例无关男性个体采用NGS分型,结果100例样本全部分型成功。根据建立的NGS用于STR遗传标记的分型条件和方法对DYF404S1基因座等位基因分型,河南汉族225例无关男性个体中220例成功分型,分型成功率为97.8%,而且其分型结果与基于CE技术的分型结果一致。但是,DYF399S1 NGS分型失败,可能与基因座片段太长有关。3.DYF404S1基因座等位基因异常分型,河南汉族225例无关男性个体中检测到3例样本出现等位基因异常分型,均表现为3等位基因模式,异常分型概率为1.3%,2例样本CE分型图谱表现为等位基因的峰高及峰面积大致相同,1例样本表现为一个峰的峰高及峰面积约等于另外两个峰之和。结论1.分析DYF404S1、DYF399S1、D8S1179 3基因座在河南汉族群体中的遗传多态性,可以为法医学实践和人类遗传学研究提供基础数据。2.使用引物两端添加接头的方法对DYF404S1、D8S1179基因座进行NGS文库构建,并成功分型,建立的NGS技术分型多拷贝Y-STR及常染色体STR基因座方法,可运用于法医学实践,且灵敏度高。3.发现了DYF404S1a/b基因座在河南汉族群体中出现等位基因异常分型,均表现为3等位基因模式。
修世鹏[5]（2018）在《丝光绿蝇线粒体基因遗传多样性分析及其在法医死亡地点推测中的探究》文中研究表明目的:对中国多地丝光绿蝇线粒体基因进行测序和分析,填补该领域国内的信息空白,并探究地理隔离对中国丝光绿蝇线粒体基因遗传多样性的影响,及其在法医学死亡地点推测中的应用。方法:采用PCR扩增及第一代测序相结合的方式,对采集自中国各地的、地理距离相差较大的丝光绿蝇群体样本进行线粒体DNA提取和部分基因测序,分析其线粒体DNA的遗传多样性和种群遗传结构,并试图寻找与地域相关的遗传信息差异,并进一步通过法医学验证将地理种群的分化研究与第一案发现场的推断结合起来。运用MEGA 6.0进行碱基组成成分分析、系统发育分析、遗传距离分析以及具有地域特征SNP位点的统计,运用Primer5进行PCA聚类分析和Cluster聚类分析,运用WinArl35软件进行地域间的遗传分化研究,运用DNAsp 5.0分别对各基因和各地区的遗传多样性以及具有地域特征的单倍型进行分析,运用Network进行网络单倍型结构分析,运用SPSS进行数据整理。结果:本实验对中国9个省份11个地区的55只丝光绿蝇样本的线粒体DNA部分基因进行了测序工作,测序长度6889bp,测序部分包括7个基因和14个转运RNA。11个地区样本平均碱基含量为:36.49（A）,38.11（T）,14.17（C）,11.21（G）,具有较高的AT偏向性。蛋白质编码区除COX1起始密码子为TCG外其余均为ATG,COX1、COX2、ND5编码区终止密码子为3’A残留物,其余均为TAA。11各地区样本总体核苷酸多态度（Pi）为0.191%,多态位点数（S）为150,单倍型多态度（Hd）为0.995,平均遗传距离最大的2个基因为COX3和ND5,ATP8基因最保守。按地区来看,江苏盐城和海南海口的核苷酸多态度最高,分别为0.00351和0.00270,甘肃平凉地区最低。Tajima’sD检验及Fu’sFs检验表明大部分地区的突变受环境因素影响较大。聚类分析结果显示55个样本分为2类,分别代表2个亚种。系统发育分析显示11个地区种群之间属于平行进化关系,并无进化的先后之分。11个种群群体内总体遗传分化系数Fst=0.13500,其中22组具有统计学意义。单倍型分析共发现50个单倍型,其中COX3基因共发现10个具有地域特征的私有单倍型,可用作8个地区的鉴别,多重序列比对共发现14个具有地域特征的私有简约信息位点,可用作5个地区的鉴别。结论:地理隔离对中国丝光绿蝇线粒体基因的遗传多样性具有影响,这种影响可能对法医学死亡地点的推测有所帮助。
权冰娥,李树[6]（2017）在《新一代DNA测序技术在法医实践中的应用及其研究进展》文中指出近几十年来,随着分子生物学和基础医学的快速发展,新一代测序技术得到了开发和应用。DNA测序技术是人类探索生命奥秘的重要研究手段,随着DNA测序技术应用于法庭科学中惩罚、打击罪犯的需要,其在法庭科学和法医实践中扮演着越来越重要的角色。测序技术历经一到四代的技术革新（二代之后的测序技术被称为新一代测序技术）,测序具有低成本、时间短、高通量的特点,能够快速、准确地获取生物体的遗传信息,最重要的是开发出了更多的遗传位点。
郭飏[7]（2016）在《新疆裸重唇鱼线粒体DNA遗传多样性及线粒体DNA控制区异质性研究》文中进行了进一步梳理本文通过对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列以及细胞色素b基因部分序列进行遗传标记,结合线粒体DNA D-loop区存在的异质性,对新疆开都河、巩乃斯河、玛纳斯河以及喀什河四条河流4个野生新疆裸重唇鱼群体进行遗传多样性研究,为新疆裸重唇鱼种质资源保护提供理论基础,结论如下:1.在鲤、细鳞裂腹鱼已识别部分保守序列的基础上,针对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列测定后识别了其终止序列区TAS、中央保守区CD、保守序列区CSB以其界限。通过与鲤、细鳞裂腹鱼之间对比,对这三者碱基组成进行了分析,在新疆裸重唇鱼中新识别了三个串联重复序列,与鲤、细鳞裂腹鱼相比新疆裸重唇鱼出现了较少的碱基缺失。2.对开都河、玛纳斯河、喀什河、巩乃斯河4个新疆裸重唇鱼群体,提取其线粒体DNA D-loop区部分序列,得到748 bp左右的同源序列74条。其中检测到13个单倍型,变异位点20个。新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为Hd=0.864±0.196,Pi=0.03112±0.030475。群体间FST分析显示,玛纳斯河群体与其他群体间存在较大分化（FST>0.15）,而其他群体间分化程度较低（0.05<FST<0.15）。Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流（Nm=1.6616）。分子系统树和单倍型网络图分析表明,玛纳斯河群体与其他群体间的单倍型关系较远,其他群体的单倍型间关系较近。3.利用线粒体DNA Cytb基因的部分序列对开都河、玛纳斯河、喀什河以及巩乃斯河的野生新疆裸重唇鱼的4个群体多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明:在74个个体中检测到9个单倍型,变异位点15个,其中开都河21个个体检测到1个变异位点,巩乃斯河27个个体检测到10个变异位点,喀什河2个个体检测到5个变异位点,玛纳斯河24个个体检测到9个变异位点。新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为Hd=0.810±0.062和Pi=0.0059±0.0038。群体间FST分析显示,玛纳斯河群体与其他三个群体间存在较大分化（FST>0.15）,而其他群体间分化程度较低。（0.05<FST<0.15）。Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流。分子系统树和单倍型网络图分析表明,新疆玛纳斯河群体与其他群体间的单倍型关系较远,其他群体间的单倍型关系较近。4.从线粒体DNA D-loop区筛选后的12个单倍型中各选取一个样本,针对每个样本6个组织:肌肉、鳍条、鳃、皮肤、眼睛、肝脏,研究其点异质性和长度异质性。三个不同群体线粒体DNA D-loop区点异质性研究表明,点异质性在不同群体中发生的频率相差不多,点异质性存在于肌肉中的频率最高,肝脏组织频率次之,除肌肉组织外只有一个点异质性发生于肝脏组织中,变异位点和突变碱基类型与肌肉相同。这与相关法医学有关异质性研究报道中的异质性的高发“热点”相同,即肌肉组织中发生频率最高。三个不同群体线粒体DNA D-loop区长度异质性研究表明:线粒体D-loop区5’端均存在串联重复序列TR1、TR2、TR3,其中在TR3中识别了TAS保守序列:TACAT,在TR1上游的TACAT与TR3中识别的TAS序列,可以形成稳定的发卡结构。在不同个体不同组织共计72个样本中共存在9种不同的串联重复序列,这9种不同串联重复序列的自由能最小为2.8kcal/mol,最大为0.6kcal/mol。其中a型的二级结构最为稳定,而b、f型的二级结构自由能最大,其结构不稳定。5.新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区、Cytb基因及控制区异质性研究表明,新疆裸重唇鱼玛纳斯河、喀什河群体的遗传多样性较低,其中玛纳斯河出现了一定程度地分化。除此之外新疆裸重唇鱼整体种质资源状况较差,保护新疆裸重唇鱼群体已经刻不容缓。
马超[8]（2014）在《单核苷酸多态性与广州汉族人群前列腺癌的相关性研究》文中提出研究背景：前列腺癌是影响男性健康的最常见恶性肿瘤之一,多发生于60岁以上的老年男性,2002年全球新发病例为679000例,居于男性肿瘤的第二位。前列腺癌的发病率因地域及种族的差异而不同。前列腺癌发病率最高的地区是北美和斯堪的纳维亚半岛,而大部分亚洲国家为低发病率地区。美国黑人前列腺癌的发病率最高,达到185.7/10万,美国高加索人（白种人）107.8/10万,其它西方发达国家的发病率为50～103/10万。在欧洲国家,每年大约有190000新发病例,并且大约有80000例患者死于前列腺癌。亚洲国家中,中国和日本发病率低于其他国家,日本发病率为9/10万,中国发病率为2.3/10万（上海地区为7.7/10万）。无论是前列腺癌的高发地区还是低发地区,从1973年到1992年前列腺癌的发病人数都在逐年增加。因此研究前列腺癌发生发展的相关因素以及早期预防前列腺癌的发生是当务之急。目前对前列腺癌的病因尚不完全清楚,年龄、种族、家族史是目前已知的危险因素。不同种族和地区间发病率的差异可能与遗传背景、环境及生活方式等多方面因素有关。有研究已证实遗传易感和环境因素都会对前列腺癌的发生造成影响,其中遗传易感的重要物质基础之一就是单核苷酸点突变所造成的单核苷酸多态性。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs）是在基因组水平由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。其中发生率小于1%的变异称为突变,大于1%的则称为单核苷酸多态性。SNPs在人类基因组中广泛存在,是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上。人类基因组中大概每1000个碱基就有一个SNP, SNPs总量大约为3×106个。由于SNPs仅涉及单个碱基的变异,故可以由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起,也可由碱基的插入或缺失造成。通常所说的SNPs是指转换和颠换。大部分SNPs是无意义的,不影响蛋白功能或者基因表达（如非编码区SNPs）。一般根据SNPs在基因组中的位置以及是否引起基因编码的改变,可将SNPs分为几类：约95%的SNPs位于非编码区,其中一小部分位于基因调控区,称为基因调控区SNPs （regulatory SNPs, rSNPs）；而位于基因编码区的SNPs称为编码SNPs （coding SNPs, cSNPs）。若cSNPs不改变所编码的氨基酸序列则称为同义SNPs （synonymous SNPs, sSNPs）,导致氨基酸序列改变则称为非同义SNPs或错义SNPs （non-synonymous SNPs, nsSNPs）。SNPs能通过多种途径影响基因的功能,有一部分已被证明SNPs和前列腺癌发生、发展及预后密切相关。由于SNPs在人群中分布广泛,并且这种遗传标记相对稳定,能从个体出生到死亡一直存在,使遗传分析能在发病前几十年进行开展。因此,SNPs不但能提供和证明肿瘤发生的遗传性病因,也为常见肿瘤普查提供了一种有效的检测手段。SNPs作为第三代遗传标记,只有两种等位型,变异程度不如微卫星,但由于在基因组中总数量巨大,分布频密,具有较微卫星更稳定的遗传特性。在基因组筛查SNPs过程中一般只需阳性或阴性（+/-）分析,故易于分型检测并实现分析的自动化。相比第一、二代遗传标记更有适合对复杂疾病遗传的解析和基于群体基因识别等方面的研究,并已取代微卫星标记技术进入基因研究应用的领域。采用SNPs进行分析有助于解释不同个体之间的表型差异、不同群体和个体对疾病,特别是对复杂疾病易感性、药物耐受性以及对环境因素的反应差异,目前已广泛应用于分子诊断、临床检验、法医学、病原检测、遗传疾病和新药研发等方面。常见的SNPs的分析方法分为三类,第一类为基于遗传流行病学的关联分析,是通过研究SNPs在疾病易感性、药物反应性及其他相关遗传表型差异的方法；第二类为细胞和生化水平的分析,通过分析酶活力、细胞信号通路等方面来阐述SNPs对基因功能方面的影响；第三类为基于SNPs影响基因表达的分子机制研究,通过对SNPs在基因转录、翻译及蛋白表达的作用进行分析,探讨SNPs影响基因功能的机制。2008年Zheng SL等在新英格兰医学杂志上发表的文章中提到,在五个前列腺癌高风险位点中（三个位于8q24,另两个分别位于17q12和17q24.3）各选择一个危险比最高的SNP进行联合分析,这五个SNPs各自的前列腺癌患病风险比值比（OR）在1.22到1.53之间,然而当基因型同时具有四至五个SNPs时OR值将达到4.47；若将前列腺癌家族史也当做一项危险因素时（单独OR值为2.22）,则具备六项危险因素中的五项甚至全部时,其OR值高达9.46（P=1.29×10-8）。该研究结果表明,多个SNPs联合分析有助于提高人群前列腺癌患病风险的预测效力。日本冈山大学研究小组通过筛选癌症相关基因中的48个错义SNPs（非同义SNPs）,发现其10个基因中共计12个SNPs对前列腺癌发病有重要影响。这10个基因包括5个肿瘤抑制基因、2个DNA修复基因、1个代谢酶基因、1个染色体分离相关基因和1个凋亡调节基因,其中9个SNPs与肿瘤的相关性是首次被发现。这12个SNPs在预测前列腺癌患病风险方面同样具有累积效应,它们确定的最高风险组与低风险组人群相比其OR值高达47.4。最高风险组在今后30年间前列腺癌患病的风险是29%,而低风险组为0.6%,其中最低风险组仅约0.2%。因此,通过整合多个肿瘤相关SNPs进行肿瘤患病风险遗传学评估,进一步提高前列腺癌高风险人群的筛查准确性和效率,并有利于肿瘤的预防和早期诊断。由于地理位置和人种起源相近,中国人群与日本人群在遗传背景上具有很大的相似性。在日本人群大规模筛选获得的前列腺癌风险SNPs也有可能部分适用于中国人群,为了验证这一假设,并进一步将在日本人群中获得的研究成果拓展到中国及亚洲其它国家,中国、日本、韩国和新加坡四国共同发起了一项国际多中心研究,旨在检验上述前列腺癌风险SNPs在亚洲其他人群中的效力。本文中所选位点是来源于日本冈山大学研究小组的成果、同该多中心研究内容一致。目的和意义：1、分析前列腺癌组和对照组人群中多个特定单核苷酸多态性位点的分布情况,探讨多个特定位点与广州汉族人群前列腺癌患病风险的相关性,寻找阳性位点以用于指导前列腺癌的预防和早期诊断。2、尝试建立多个阳性单核苷酸多态性位点联合分析广州汉族人群前列腺癌患病风险的预测模型。方法：自2012年6月至2013年7月,在南方医科大学珠江医院、广东省人民医院招募112例前列腺癌（Pea）患者和104例非前列腺癌及其他恶性肿瘤患者（对照组）。两家医院均位于广州,受试者均为汉族男性。病例组为经穿刺活检或术后病理确诊的前列腺癌患者,初次发病或复诊均可。对照组为非前列腺癌及其他恶性肿瘤患者,在年龄上与病例组患者保持匹配,也是在相同时期相同的医疗单位住院或门诊就诊的患者。记录患者的临床资料如发病时年龄、PSA、Gleason评分、TNM分期、治疗方式及治疗效果等,并向患者发放调查问卷,调查内容包括吸烟史、饮酒史、家族史、饮食习惯等。经患者签署知情同意书后,抽取的2m1外周静脉血采用EDTA抗凝管在-20℃（或-80℃）条件下保存。采用TIANamp Blood DNA Kit血液基因组DNA提取试剂盒进行全血基因组DNA提取。利用多重SNaPshot SNP分型技术对收集到的DNA进行基因分型,所观察的8个位点以所在基因命名分别为SMARCAD1SNP、RAD17SNP、 AXIN2SNP、CASP9SNP、PSMD8BP1SNP、DCLREIB SNP、MMP27SNP、BARD1SNP。统计学处理：采用Pearson’s X2检验的方法对对照组每个SNP位点基因型分布情况进行Hardy-Weinberg平衡检验并通过R语言实现。计算各临床指标在病例组和对照组之间的差异或者不同基因型之间的差异时采用Pearson’s X2检验。采用logistic回归分析计算特定基因型与所研究人群前列腺癌发病风险的比值比（ORs）、95%可信区间（Confidence intervals, CIs）及相应的P值,以分析前列腺癌和基因型的相关性。将年龄和肿瘤危险度对与前列腺癌患病风险相关的SNPs进行分层分析。其中,年龄方面前列腺癌组采用初次发病的年龄、对照组采用招募入组时的年龄,最终分为>72岁组和≤72岁组。在肿瘤危险度方面,分为局限型前列腺癌和进展型前列腺癌。局限型前列腺癌组须同时满足以下标准：TNM分期T1-2; NO/NX; MO/MX; Gleason评分2-7分；PSA≤50ng/ml。进展型前列腺癌组须满足如下条件之一：TNM分期T3/4; N+; M+; Gleason评分8-10分；PSA>50ng/ml。将年龄、吸烟及饮酒状况作为前列腺癌患病风险多因素回归模型的混杂因素。所用统计学软件为SPSS20.0,所有统计检验为双侧检验,计算结果P值<0.05时认为差异有统计学意义。结果：1、选定的8个SNPs基因型（或等位基因）分布与前列腺癌发病风险的相关性分析：无论对年龄、吸烟、饮酒等混杂因素校正与否,SMARCAD1SNP. CASP9SNP、PSMD8BP1SNP、DCLRE1B SNP、MMP27SNP、BARD1SNP计算结果P值均大于0.05,提示病例组和对照组基因型（或等位基因）之间的差异无统计学意义。而经初步相关性分析,提示RAD17SNP和AXIN2SNP[rs2240308]与前列腺癌存在相关性。因RAD17SNP在对照组中基因型的分布经Hardy-Weinberg平衡检验结果为P=0.0324,故认为其人群代表性有一定局限性,本文不做进一步计算,只对AXIN2SNP[rs2240308]进一步统计分析。AXIN2SNP[rs2240308]GG基因型在病例组（59.2%）中的频率明显高于对照组（39.0%）,GA基因型在病例组中的频率（30.1%）低于对照组（52.0%）。G等位基因在病例组中的频率（74.3%）高于对照组（65.0%）,相反,A等位基因在中对照组的频率（35.0%）高于病例组（25.7%）。GA基因型携带者与GG基因型（作为参考）携带者相比,其校正OR值为0.377（95%CI:0.206-0.688,P=0.001）,有统计学意义。AA基因型携带者与GG基因型携带者相比,其校正OR值为0.830（95%CI：0.309-2.232,P=0.712）,无明显统计学意义。G等位基因（作为参考）与A等位基因在病例组和对照组之间的差异仍具有统计学意义（P=0.048）,其校正OR值为0.649,95%CI：0.422-0.996。2、对阳性位点AXIN2SNP[rs2240308]按年龄分层进行分析：GA基因型携带者在≤72岁组（校正OR=0.419,95%CI:0.181-0.969,P=0.042）和>72岁组（校正OR=0.364,95%CI:0.150-0.879,P=0.025）均提示前列腺癌的患病风险相比GG基因型（作为参考）携带者下降。A等位基因携带者在≤72岁组提示患病风险下降（校正OR=0.514;95%CI:0.281-0.940；P=0.031）,但在>72岁组未发现有统计学意义（校正后P=0.646）。3、对阳性位点AXIN2SNP[rs2240308]按肿瘤危险度分层进行分析：GA基因型携带者在局限型组（校正OR=0.246,95%CI:0.100-0.607,P=0.002）和进展型组（校正OR=0.446,95%CI:0.228-0.873,P=0.018）均提示前列腺癌的患病风险相比GG基因型（作为参考）携带者下降。A等位基因携带者在局限型组提示患病风险下降（校正OR=0.408;95%CI:0.206-0.807:P=0.010）,但在进展型组未发现有统计学意义（校正后P=0.271）。从另一方面看,通过分层分析,我们可以发现A等位基因在≤72岁组和局限型组中患病风险下降。4、AXIN2SNP[rs2240308]基因型和临床指标之间的关系：各临床指标在GG基因型组和non-GG基因型组之间差异均无统计学意义。结论：通过病例对照研究发现,Axin2SNP [rs2240308]与广州汉族人群前列腺癌可能具有相关性。Axin2SNP [rs2240308:G/A]中的GA基因型对广州汉族人群前列腺癌患病风险中可能呈现保护性作用。据我们所知,本研究为首次发现Axin2SNP [rs2240308:G/A]和前列腺癌患病风险可能具有相关性。Axin2SNP[rs2240308]可能会成为前列腺癌的早期诊断和易感性评估的生物学标志物。
黄玉静[9]（2011）在《云南佤族、白族、傣族Y-SNP与Y-STR多态性研究与法医学意义》文中进行了进一步梳理[目的] Y染色体非重组区DNA多态呈父系遗传,在法医学混合斑分析、父系亲权鉴定及男性嫌疑人的案件排查中发挥重要作用。其单核苷酸多态具有种族、地理特异性,根据现场遗留男性个体生物学检材的特点来推测其种族地理来源可为侦查破案提供线索。本课题利用云南独特的少数民族遗传资源,选择了佤族、白族和傣族三个祖裔来源不同的民族进行具有东亚特异性的7个Y-SNP位点和Y filer试剂盒17个Y-STR基因座基因分型检测。获取了上述三个民族Y-SNP、STR两种遗传标记的基础数据分布特点,初步探讨了Y-STR与Y-SNP分型之间存在的关联性,及根据Y-SNP单倍群、Y-STR单倍型的特点来推测其种族来源的可行性,为更多民族群体利用Y染色体DNA多态研究及其在法医学领域中的应用提供一研究方法。[方法]采集云南佤族（100例）、白族（146例）和傣族（158例）共404例无关男性健康个体的静脉血各5mL。采用酚-氯仿有机法提取核基因组DNA。用巢式PCR和PCR产物直接测序法进行7个Y-SNP分型检测；用Y filer试剂盒进行17个Y-STR基因座的复合扩增检测。应用Arlequin 3.5、Network4.5.1.6等软件进行数据统计分析。[结果]所检测的7个Y-SNP,佤族在O3-M122、O2-M95、K*-M9、C-M130和F*-M89单倍群中有频率分布,无O1-M119和P*-M45分型；白族中7个Y-SNP单倍群均有分布；傣族除P*-M45外有其余6种单倍群分布。其中,O3-M122在佤族、白族和傣族中分别占56.0%、47.3%和31.0%；02-M95分别占15.0%、15.8%和39.9%；K*-M9分别占24.0%、13.0%和5.7%；C-M130分别占3.0%、10.2%和5.7%。17个Y-STR基因座构成的单倍型在佤族、白族和傣族中分别检出72种、115种和140种单倍型；三个民族之间无共有的单倍型：三个民族的Y-STR单倍型多样性分别为0.9875±0.0046、0.9957±0.0015和0.9981±0.0010。佤族17个Y-STR基因座在各Y-SNP单倍群内均有高频率的等位基因分布,除DYS389Ⅱ和DYS19外,其余15个基因座的等位基因频率分布在03-M122和02-M95之间明显不同；DYS389 I, DYS19、DYS393、YGATAH4和DYS438中高频率等位基因在03-M122、02-M95和K*-M9单倍群之间的分布不同；03-M122的特征单倍型是15-12-23-29-15-15-12,17-12-10-11-22-13-13（14/12）-15-9-19,02-M95的特征单倍型是16-13-25-29-16-15-15,19-14-11-12-20-14-11-14-10-18。白族各Y-SNP单倍群内的等位基因频率分布比较均匀。傣族DYS389 I、DYS389 II、DYS19、DYS439、DYS392、DYS437、DYS438和DYS448高频率等位基因分布在03-M122和03-M95间不同,DYS390、DYS393和DYS635的等位基因在03-M122、03-M95和O1-M119单倍群之间分布不同。同一Y-SNP单倍群的Y-STR单倍型Network网络图显示,佤族在03-M122、02-M95和K*-M9三个单倍群的网络图中均具有非常接近的单倍型并形成starcluster形状；白族在03-M122图中除部分单倍型位于中央外,单倍型之间差异比较大,02-M95网络图中具有一个小、star cluster形状；傣族在03-M122网络图中大部分的单倍型个体聚在一起,具有star cluster形状,且和部分白族个体的很接近,而在02-M95网络图中则各单倍型较分散,具有高度的单倍型多样性和分支多样性。[结论]本课题研究获取了云南佤族、白族和傣族三个少数民族Y-SNP和Y-STR的群体遗传学基础数据,初步掌握了三个民族的父系遗传特点以及民族间的遗传差异。佤族的父系遗传结构单一,较好的保持了其父系遗传特征,其Y-STR等位基因频率分布与Y-SNP单倍群有相关性,在法医学案件检验中可利用其Y-STR特征单倍型及特异等位基因来推测其Y-SNP单倍群。而白族和傣族的父系遗传结构在多样性中存在着基因交流。
赵永刚[10]（2010）在《胃癌中线粒体DNA D-loop区的突变及意义》文中研究指明目的通过检测胃癌组织中线粒体DNA （mtDNA） D-loop区的突变情况,研究分析mtDNA D-loop区突变与胃癌临床病理学特征的关系,为胃癌的早期诊断提供理论依据。方法①选择17例胃癌及相应正常组织,应用聚合酶链反应（PCR）对其mtDNA D-loop区同时扩增并测序,将测序结果与线粒体文库中的修订版剑桥参考序列（Revised Cambridge Reference Sequence, rCRS）进行对比分析。②使用PPMS 1.5软件和四格表精确检验法对mtDNA D-loop区突变与胃癌临床病理特征的关系进行统计学分析。结果①17例胃癌组织中共发现mtDNA D-loop区存在175个多态性变异,其中8个（4.6%）为新发现的变异。8例（47.1%）胃癌组织中共发现13次突变；突变热点集中在HV 1（23.1%）和HV 2（53.9%）,并且HV 2较HV1更易突变。②mtDNA D-loop区突变率与胃癌分化程度、浸润深度、有无淋巴结转移、患者性别和年龄无关（P>0.05）。结论mtDNA D-loop区,尤其是其中的HV 1及HV 2,是一个具有高度多态性和突变性的区域,在胃癌中突变率较高。mtDNA D-loop区突变可能是胃癌发生过程中的一个早期事件,并伴随着胃癌的演进。对mtDNA D-loop区突变的检测有望应用于肿瘤的早期诊断。
二、线粒体DNA在法医学中的应用及其研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、线粒体DNA在法医学中的应用及其研究进展（论文提纲范文）
（2）《中国药典》动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 动物药材鉴别研究现状 |
| 1.2 STR分型技术及其在中药材方面的应用展望 |
| 1.3 研究目标、研究内容及拟解决的关键问题 |
| 第二章 《中国药典》动物药材DNA指纹图谱鉴定研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样品信息 |
| 2.1.2 实验仪器及试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 引物设计及筛选 |
| 2.2.2 动物药材DNA提取及测序验证 |
| 2.2.3 动物药材PCR扩增及STR分型 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 动物药材DNA指纹图谱鉴别引物设计及筛选 |
| 2.3.2 动物药材物种验证结果 |
| 2.3.3 动物药材STR分型鉴别结果 |
| 2.4 讨论与小结 |
| 第三章 胆粉(汁)类药材的DNA指纹图谱鉴别方法研究 |
| 3.1 胆粉(汁)类药材正伪DNA指纹图谱鉴别 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 结果与分析 |
| 3.2 胆粉(汁)类药材正伪掺杂DNA指纹图谱鉴别 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.2.3 结果与分析 |
| 3.3 讨论与小结 |
| 第四章 地龙药材及其混伪品的DNA指纹图谱鉴别方法研究 |
| 4.1 地龙药材正伪DNA指纹图谱鉴别 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 结果与分析 |
| 4.2 地龙药材正伪掺杂DNA指纹图谱浓度比例鉴别 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.2.3 结果与分析 |
| 4.3 讨论与小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望及不足 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
（3）幼儿拇指螺（Pollicaria gravida）的分类学研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 创新性 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 拷文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（4）二代测序技术用于3个短串联重复序列分型的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 附图 |
| 参考文献 |
| 综述：Y染色体多拷贝短串联重复序列及其法医学应用研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（5）丝光绿蝇线粒体基因遗传多样性分析及其在法医死亡地点推测中的探究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 实验结果 |
| 结论 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（6）新一代DNA测序技术在法医实践中的应用及其研究进展（论文提纲范文）
| 一、引言 |
| 二、第一代测序技术 |
| 三、新一代测序技术的研究进展 |
| (一) 第二代测序技术 |
| 1.454/Roche。 |
| 2. Solexa/Illumina。 |
| 3. ABI/SOLi DTM。 |
| 4. Danaher Motion/Polonator。 |
| 5. Complete Genomics。 |
| (二) 第三代测序技术 |
| 1. Helicos/Heli Scope。 |
| 2. Pacific Biosciences/SMRT。 |
| 3. Ion Torrent/基因解码器。 |
| (三) 第四代测序技术 |
| 四、新一代DNA测序技术在法医学中的应用 |
| (一) 短串联重复序列分析 |
| (二) 线粒体全基因组分析 |
| (三) Y染色体分析 |
| (四) 种族背景和外观特征的预测分析 |
| (五) 法医微生物分析 |
| (六) 表观遗传分析 |
（7）新疆裸重唇鱼线粒体DNA遗传多样性及线粒体DNA控制区异质性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英符号缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 新疆裸重唇鱼资源及保护 |
| 1.1 新疆裸重唇鱼的分类地位及分布简介 |
| 1.2 形态特征 |
| 1.3 生活环境 |
| 1.4 新疆裸重唇鱼研究概况 |
| 2 遗传多样性研究概况 |
| 2.1 遗传多样性概述 |
| 2.2 鱼类遗传多样性概述 |
| 2.3 鱼类遗传多样性的研究方法及应用 |
| 2.3.1 线粒体DNA D-loop区 |
| 2.3.1.1 线粒体DNA D-loop区结构特点 |
| 2.3.1.2 线粒体DNA D-loop区分子多态性的研究 |
| （1）RFLP技术(Restriction fragment length polymorphism, RFLP) |
| （2）RAPD技术(Randomly Amplified Polymorphic DNA， RAPD) |
| （3）微卫星DNA(Microsatellite) |
| （4）PCR-SSCP技术 |
| 2.3.1.3 鱼类线粒体DNA D-loop区研究概况 |
| 2.3.2 线粒体DNA细胞色素b研究概况 |
| 3 线粒体异质性研究概述 |
| 4 研究目的与意义 |
| 第二章 基于线粒体DNA D-loop区序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性及差异研究 |
| 前言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验设备 |
| 1.2 实验试剂 |
| 1.3 实验样品采集 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA的提取及检测 |
| 2.1.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取 |
| 2.1.2 新疆裸重唇鱼基因组DNA检测 |
| 2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选 |
| 2.2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区扩增 |
| 2.2.2 SSCP-PCR筛选单倍型 |
| 2.2.2.1 非变性聚丙烯酰胺凝胶制备 |
| 2.2.2.2 银染显色 |
| 2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列扩增 |
| 2.4 目的条带纯化回收 |
| 2.5 目的条带的连接和转化 |
| 2.5.1 大肠杆菌感受态细胞制备： |
| 2.5.2 连接 |
| 2.5.3 转化 |
| 2.5.4 阳性克隆的检测 |
| 2.5.5 菌液测序 |
| 2.6 数据处理 |
| 2.6.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析 |
| 2.6.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区遗传多样性分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 新疆裸重唇鱼总DNA提取与检测 |
| 3.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选 |
| 3.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的片段扩增 |
| 3.2.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型 |
| 3.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区碱基结构分析 |
| 3.3.1 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列差异比较 |
| 3.3.2 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列分析 |
| 3.3.2.1 终止序列区 |
| 3.3.2.2 中央保守序列区 |
| 3.3.4.3 保守序列区 |
| 3.4 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区遗传多样性比较分析 |
| 3.4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列分析 |
| 3.4.2 群体遗传结构比较 |
| 3.4.3 群体的种群扩张分析 |
| 3.4.4 聚类分析结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析 |
| 4.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区遗传多样性比较分析 |
| 4.2.1 新疆裸重唇鱼四个群体的分子遗传多样性比较 |
| 4.2.2 新疆裸重唇鱼群体的遗传分化 |
| 4.2.3 群体的种群扩张分析 |
| 第三章 基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析 |
| 前言 |
| 1 实验材料和设备 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 新疆裸重唇鱼线粒体基因组DNA提取及纯度检测 |
| 2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA细胞色素b基因PCR扩增测序 |
| 2.3 数据处理 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA细胞色素b序列变异比较 |
| 3.2 新疆裸重唇鱼不同群体群体遗传结构比较 |
| 3.3 新疆裸重唇鱼不同群体聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 第四章 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区异质性初探 |
| 前言 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 实验材料与仪器试剂 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.1.2 主要仪器 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取及检测 |
| 1.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型 |
| 1.2.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的 500bp片段扩增 |
| 1.2.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区筛选单倍型 |
| 1.2.2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区 750bp序列扩增 |
| 1.3 数据处理 |
| 2 实验结果分析 |
| 2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区点异质性 |
| 2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区长度异质性 |
| 第五章 新疆裸重唇鱼不同群体遗传多样性及差异研究总述 |
| 创新点与展望 |
| 6.1 创新点 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附件 |
（8）单核苷酸多态性与广州汉族人群前列腺癌的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 方法部分 |
| 结果部分 |
| 一、血样收集及SNPs分型情况 |
| 二、受试者人口学特征及相关临床指标 |
| 三、对照组中8个SNPs的Hardy-Weinberg平衡检验结果如表2所示 |
| 四、8个SNPs的基因型(等位基因)分布与前列腺癌发病风险的相关性分析见下表3 |
| 五、对阳性位点AXIN2 SNP[rs2240308]按年龄分层进行分析 |
| 六、对阳性位点AXIN2 SNP[rs2240308]按肿瘤危险度分层进行分析 |
| 七、AXIN2 SNP[rs2240308]基因型(GG、non-GG)和临床指标的相关性分析 |
| 讨论部分 |
| 一、单核苷酸多态性和前列腺癌 |
| 二、种族差异与SNPs |
| 三、前列腺癌发生、发展的相关因素与SNPs |
| 四、SNPs与前列腺癌放疗后的不良反应 |
| 五、SNPs用于预测药物不良反应 |
| 六、前列腺癌的诊断及患病风险预测 |
| 七、SNPs在预测前列腺癌患病风险的不足之处 |
| 八、位点的选择 |
| 九、分型方法的选择 |
| 十、多重PCR |
| 十一、延伸引物设计 |
| 十二、Axin2 SNP[rs2240308] |
| 十三、Hardy-Weinberg平衡 |
| 十四、SNP位点的连锁平衡 |
| 十五、对于其他位点统计结果的讨论 |
| 十六、本实验研究的不足及下一步的研究计划 |
| 十七、结论及展望 |
| 附件1 调查问卷 |
| 附件2 知情同意书 |
| 参考文献 |
| 缩略词表 |
| 攻读学位期间的发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 统计学审稿证明 |
（9）云南佤族、白族、傣族Y-SNP与Y-STR多态性研究与法医学意义（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 已发表或待发表的文章 |
| 致谢 |
（10）胃癌中线粒体DNA D-loop区的突变及意义（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 材料与方法 |
| 1.1 聚合酶链反应 |
| 1.2 扩增产物测序部分 |
| 第二章 结果 |
| 2.1 PCR扩增结果 |
| 2.2 扩增产物测序结果 |
| 2.3 统计分析结果 |
| 第三章 讨论 |
| 结论 |
| 问题与展望 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 附图 |
| 致谢 |
四、线粒体DNA在法医学中的应用及其研究进展（论文参考文献）
- [1]新一代测序技术在法医遗传学中的应用与研究进展[J]. 张昊,胡锡阶,余丽梅. 国际遗传学杂志, 2021(06)
- [2]《中国药典》动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法研究[D]. 田娜. 广东药科大学, 2020(01)
- [3]幼儿拇指螺（Pollicaria gravida）的分类学研究[D]. 柴家炫. 昆明医科大学, 2019(06)
- [4]二代测序技术用于3个短串联重复序列分型的初步研究[D]. 安雷雷. 新乡医学院, 2018(11)
- [5]丝光绿蝇线粒体基因遗传多样性分析及其在法医死亡地点推测中的探究[D]. 修世鹏. 泰山医学院, 2018(06)
- [6]新一代DNA测序技术在法医实践中的应用及其研究进展[J]. 权冰娥,李树. 辽宁警察学院学报, 2017(06)
- [7]新疆裸重唇鱼线粒体DNA遗传多样性及线粒体DNA控制区异质性研究[D]. 郭飏. 石河子大学, 2016(02)
- [8]单核苷酸多态性与广州汉族人群前列腺癌的相关性研究[D]. 马超. 南方医科大学, 2014(11)
- [9]云南佤族、白族、傣族Y-SNP与Y-STR多态性研究与法医学意义[D]. 黄玉静. 昆明医学院, 2011(09)
- [10]胃癌中线粒体DNA D-loop区的突变及意义[D]. 赵永刚. 青岛大学, 2010(03)