W〜在果蝇中的监管基因DOA的发现和功能表征

W〜在果蝇中的监管基因DOA的发现和功能表征

一、果蝇中w~a的调控基因Doa的发现及其功能特征研究(论文文献综述)

潘晨[1](2021)在《厚壳贻贝肌肽代谢相关基因的表达研究及转录组分析》文中研究表明肌肽及其类似物是一类重要的生理性二肽,因其序列中均含有组氨酸残基而被统称为组氨酸二肽(Histidine-cotaining dipeptides,HCD),在生物中广泛存在并中发挥着多种重要的功能。目前,针对组氨酸二肽的研究主要集中在脊椎动物,而在无脊椎动物中,对于组氨酸二肽的分布和代谢过程尚未见相关报道。贻贝是我国重要的水产养殖贝类之一,具有重要的经济价值和研究价值。在此前的研究中,已从贻贝的转录组数据和基因组数据中发现了组氨酸二肽代谢相关酶的基因存在,包括肌肽合成酶、肌肽酶、β-丙氨酸转运蛋白和β-丙氨酸转氨酶等。上述结果表明,贻贝体内可能也含有组氨酸二肽并发挥着重要生理功能。为此,我们选择厚壳贻贝(Mytilus coruscus)为研究对象,采用显色法和氨基酸分析仪法开展了厚壳贻贝各组织中组氨酸二肽的含量以及分布研究;同时,针对厚壳贻贝中筛选到的肌肽代谢相关酶基因序列设计特异性引物,利用荧光定量PCR方法开展了贻贝不同组织的相关基因表达水平;在此基础上,为进一步了解β-丙氨酸这一组氨酸二肽合成的重要前体物质在注射贻贝后,对肌肽代谢相关酶基因的影响,我们利用荧光定量PCR以及转录组技术,开展了贻贝不同组织组氨酸二肽代谢相关酶基因在β-丙氨酸注射后的时间表达曲线以及组氨酸二肽含量变化,以及β-丙氨酸注射后,厚壳贻贝全组织转录组的动态变化,以探讨厚壳贻贝转录组对β-丙氨酸注射的动态响应,从中分析组氨酸二肽在贻贝体内的代谢过程。上述研究表明,厚壳贻贝组织中含有较低浓度的组氨酸二肽,包括肌肽和鹅肌肽,其中贻贝肌肉型组织,如后闭壳肌,足,外套膜等组织中的组氨酸二肽含量相对较高;其他组织组氨酸二肽含量相对较低,表明组氨酸二肽可能对贻贝的肌肉收缩具有重要作用。此外,厚壳贻贝组织中的组氨酸二肽主要以鹅肌肽为主,这与其他水生脊椎动物类似,表明水生生物中鹅肌肽是组氨酸二肽的主要存在形式,但具体原因未知。进一步针对厚壳贻贝组氨酸二肽代谢相关的五种关键酶开展了序列分析,结果表明厚壳贻贝的这五种关键酶在序列,结构域,二级结构等方面与其他无脊椎动物,特别是扇贝和牡蛎的同源基因具有较高的相似性,表明无脊椎动物的组氨酸二肽代谢相关酶可能具有共同的分子起源。β-丙氨酸是当前主流的运动能量补充剂之一,其原因在于β-丙氨酸在体内能转化为肌肽并提升人体的运动能力和抗疲劳能力。考虑到补充β-丙氨酸可增加脊椎动物HCD含量,我们对厚壳贻贝进行了β-丙氨酸注射,发现在经过β-丙氨酸注射后的贻贝组织中,组氨酸二肽的浓度明显增加(p<0.01),相关基因的表达水平也显着上调(p<0.01)。进一步的比较转录组分析结果表明,与对照组相比,β-丙氨酸注射组中共鉴定3,569个差异表达基因(DEGs),差异表达基因主要富集于癌症,肌肉收缩和酪氨酸代谢途径等,表明β-丙氨酸在贻贝的细胞增殖,运动和黑色素的生成中可能发挥重要作用。上述研究一方面为了解无脊椎动物中组氨酸二肽的分布与代谢过程奠定了基础,也为后续在贻贝养殖业中,β-丙氨酸补充潜在的应用价值提供了科学依据。

陈俊龙[2](2019)在《柑橘木虱气味结合蛋白和化学感受蛋白功能》文中提出面对柑橘行业的毁灭性病害柑橘黄龙病,寡食性昆虫柑橘木虱Diaphorina citri是柑橘黄龙病的主要传播媒介,引诱剂作为广谱杀虫剂的替代品,是具有前景的,研究其与寄主识别相关的嗅觉分子机制,可为柑橘木虱引诱剂的设计与筛选提供理论基础。基于已发表的腹部和触角转录组测序结果,本研究为了全面地研究柑橘木虱的气味结合蛋白Odorant-binding proteins(OBPs)和化学感受蛋白Chemosensory proteins(CSPs),对柑橘木虱基因组(V2.0)重新进行了鉴定和注释,研究结果表明,柑橘木虱有9个OBP(8个Classic和1个Plus-C OBP)和12个CSP,都具有完整的开放读码框,与之前的转录组测序结果一致。柑橘木虱的初级嗅觉中枢触角叶中缺少嗅小球glomeruli,而且仅拥有少量数目的OBPs和CSPs基因。因此,柑橘木虱只具有一套数量较少的OBPs和CSPs基因且专一的嗅觉系统。通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)研究分析柑橘木虱OBP和CSP在触角,唾液腺,中肠、后肠、翅、足共6个组织以及在卵、若虫五个龄期、刚羽化雌、雄虫和性成熟雌、雄虫阶段的表达情况。结果表明:4个OBP(DictOBP2、DictOBP7、DictOBP8、DictOBP9)和4个CSP(DcitCSP1、DcitCSP4、DcitCSP8、DcitCSP12)基因在触角中富集。值得注意的是,与其他组织相比,DcitOBP9和DcitCSP(1、8)在后肠有较高表达。这表明气味结合蛋白和化学感受蛋白除了嗅觉感受功能外,可能还参与了其他非嗅觉相关的生理功能。与成虫相比,DictOBP2的表达量在若虫阶段显着上调,且随若虫成长呈现增加趋势。与若虫阶段相比,DictOBP8,DictOBP9,DictCSP1,DictCSP4和DictCSP12成虫阶段显着上调。DcitCSP8主要在刚羽化成虫阶段显着高表达,在其他发育阶段表达量很低。与未性成熟阶段相比,两个DcitOBP(2、7)和两个DcitCSP(4、12)在性成熟阶段显着上调。基于实时荧光定量结果,筛选出触角特异高表达的4个OBPs和4个CSPs。通过原核表达体系,本实验成功获得了7个不带融合标签的重组蛋白(DictOBP2、DictOBP7、DictOBP8、DictOBP9、DictCSP1、DictCSP8和DictCSP12)。为了研究柑橘木虱触角特异的OBP和CSP与寄主植物挥发物、性信息素组分和驱避植物挥发物的特性以及其在嗅觉识别过程中的功能,本实验通过荧光竞争性结合实验和分子对接模拟,结果显示,寄主植物的嫩芽挥发物β-石竹烯,对DcitOBP8具有强结合能力(Ki≤10);寄主植物的嫩芽挥发物E-β-罗勒烯和驱避植物挥发物二甲基三硫化物,对DcitOBP9具有高结合亲和力(Ki≤10)。DcitCSP1和DcitCSP12可以与所有测试化合物结合,其中,DcitCSP12对来自寄主植物挥发物伞花烃,β-石竹烯、γ-萜品烯和月桂烯(Ki≤10)具有高结合亲和力,尤其是β-石竹烯,其显示出最高的亲和力(Ki=2.54)。驱避植物挥发物二甲基三硫的解离常数与自由结合能普遍都低于二甲基二硫醚;感染柑橘黄龙病菌Candidatus liberibacter asiaticus的病株所特异释放的水杨酸甲酯,对DcitCSP1和DcitCSP12具有较高度亲和活力(Ki=10.9和Ki=11.2)。综上所述,我们目前的研究首次呈现了柑橘木虱中触角特异高表达的OBP和CSP的荧光结合特征谱,同时也提供了一套用于柑橘木虱新型防治策略的潜在气味剂。

郭春阳[3](2018)在《不同类氨基酸的特性对蛋白质折叠速率的影响及内含子的相互匹配特征研究》文中进行了进一步梳理蛋白质在生物体新陈代谢、发育生长等一切生命活动中发挥着重要的作用。近几年,蛋白质折叠速率已成为分子生物学的研究热点之一。研究内容大部分集中在蛋白质所处环境、蛋白质特征结构等方面。而蛋白质各级结构均可由氨基酸序列预测得到,所以,氨基酸序列对蛋白质折叠速率的影响是不容忽略的。研究者们从各种理论方法入手去探索氨基酸序列对蛋白质折叠速率的影响。我们从氨基酸的约化分类入手,研究氨基酸序列对蛋白质折叠速率的影响。另外,研究结果表明非编码序列在生命活动中扮演着十分重要的角色。环状RNA的形成与特性已成为当前的新兴热门话题。环状RNA是一类由内含子之间或者内含子与外显子通过特殊的选择性剪切形成的一种新型的非编码RNA。研究表明,环状RNA在调节基因转录、生长发育、疾病预测等方面有着巨大的潜在价值。本论文首先对氨基酸进行约化分类,研究了不同类氨基酸的相对氨基酸使用度对蛋白质折叠速率的影响,然后,运用局域比对等方法,统计了同一RNA序列中内含子之间的相互匹配关系,试图探讨环状RNA的成环机制。具体内容如下:1.根据氨基酸的约化分类,定义了一个描述氨基酸序列信息的参量—相对氨基酸使用度(RAAU),在相关文献和数据库的基础上,建立了一个包含相对氨基酸使用度和蛋白质折叠信息的折叠数据库。2.以数据库中全部蛋白质作为数据集,统计分析了蛋白质折叠速率ln(kf)值与相对氨基酸使用度(RAAU)的相关性。结果显示,不同类氨基酸的相对使用度对蛋白质折叠速率的影响有显着差异。其中,强亲水类氨基酸、脯氨酸与甘氨酸的相对使用度与蛋白质折叠速率具有很好的相关性。3.将蛋白质分成二态蛋白质和多态蛋白质,然后以每类蛋白质作为研究对象,统计分析了相对氨基酸使用度对蛋白质折叠速率的影响并作了它们之间的线性关系图。结果表明对于不同折叠类蛋白质(二态蛋白质和多态蛋白质),同一类氨基酸的使用度对不同折叠类蛋白质折叠速率的影响有很大差异。4.以人类核糖核蛋白基因为研究对象,提取了每个蛋白前体RNA中所有内含子序列。以此为基础,统计了第一内含子的长度分布特征,结果显示,第一内含子长度大多集中在80bp、240bp左右。5.将除第一内含子外,其余各个内含子序列转变成互补序列后,利用局域相似性比对软件,分析它们之间的匹配特征,得到最佳匹配片段,以及最佳匹配片段长度及其GC含量分布。结果表明:最佳匹配片段长度约在15bp处所占比重最大,最佳匹配片段GC含量分别在0.62与0.41处出现极大值与极小值。6.在得到最佳匹配片段的基础上,统计了第一内含子序列最佳匹配片段相对位置分布。在此基础上,把第一内含子序列片段按照GC含量分为高GC组和低GC组,在两组内含子中分别统计了第一内含子最佳匹配片段相对位置分布。结果表明:对于总第一内含子序列,最佳匹配片段相对位置呈正态分布,最佳匹配片段处于50-70bp处。而对于高GC组,最佳匹配片段处于60-70bp处,而对于低GC组,出现了多个峰值。

孙帆[4](2017)在《水稻抗旱相关小RNA的鉴定及差异表达分析》文中研究表明MicroRNA(miRNA)在植物的生长发育和应答环境胁迫过程中起着十分重要的作用。众多研究结果表明miRNA参与植物对非生物逆胁迫响应,但miRNA参与水稻响应外界环境胁迫过程中的功能尚未明确,其具体的分子调控机制也有待于进一步深入研究。本论文以水稻抗旱导入系DK151及其干旱敏感轮回亲本IR64为试材,通过小RNA测序及降解组测序等手段,结合生物信息学方法和分子生物学方法,挖掘和鉴定与干旱胁迫相关的miRNA。以下为主要研究成果:1.通过对DK151和IR64产量等农艺性状以及相关抗旱生理指标测定,发现在水旱两种条件下,DK151的单株产量都显着高于IR64,其中在水田条件下主要表现为千粒重的差异;在旱田条件下主要表现为千粒重、穗长和结实率的显着差异;旱胁迫条件下DK151中Aseorbate Peroxidase(APX)、Superoxide Dismutase(SOD)酶活性,总抗氧能力Santioxidative Capability(AOC)显着高于IR64材料,这证明DK151的抗旱性显着优于IR64。2.本研究构建了DK151和IR64水旱两个处理下的4个小RNA库,采用高通量测序对小RNA分子进行系统分析,发现在IR64中响应干旱的已知miRNA的总数为254个,DK151中为158个,DK151与IR64相比,在对照(正常灌溉)条件下显着差异的已知miRNA的总数为215个,干旱条件下,显着差异表达的已知miRNA的总数为265个,在IR64和DK151中都显着受旱胁迫调控的miRNA有54个,只在DK151中显着差异表达的miRNA有104个,只在IR64材料中显着差异表达的有200个。通过差异表达分析及靶基因预测筛选了76个抗旱候选mi RNA,并从中挑选了12个miRNA通过荧光定量PCR技术进行实验验证,这些候选小miRNA的表达量与测序结果呈现出较高的一致性。3.构建了DK151对照和干旱胁迫条件下的两个降解组文库,共检测到470个mi RNA所靶向的3251个mRNA,其中已知的miRNA有222个,新的miRNA有248个;所选的12个抗旱候选miRNA共预测到220个靶标基因,但是只有8个miRNA检测到它们的剪切片段,共47个靶基因,候选mi RNA分别是osa-miR1425-5p、osa-miR169i-3p、osa-mi R396b-5p、osa-miR396e-5p、osa-miR398b、osa-mi R5490 osa-miR5521和novelmir515。4.为了验证降解组测序所测的靶基因是否准确,随机挑选了部分候选靶基因采用RLM-RACE技术对其裂解位点进行分析,初步验证了osa-miR398b的同一家族的2个靶基因LOCOs03g22810.1和LOCOs07g46990.1,其中LOCOs03g22810.1在降解组测序中并未测到,推测osa-miR398b负调控LOCOs03g22810.1使其表达量减少,以至于达不到测序丰度。5本论文还分别针对12个抗旱相关候选miRNA构建了敲除载体及过表达载体,并获得24个过表达、16个敲除转基因株系,为进一步研究候选miRNA的抗旱作用分子机制打下了基础。

王英慧[5](2017)在《日本沼虾C型凝集素及其配体螺原体糖基化蛋白的功能研究》文中研究表明日本沼虾(Macrobrachium nipponeuis)又名青虾或河虾,在众多沼虾属中是最有发展前途的物种之一。然而,随着其养殖规模的不断扩大,密度不断增加,其患病的几率也大大增加。日本沼虾的病原种类较多,主要是细菌、病毒,引起的病害也越来越严重。近年来,螺原体作为一种新型的致病菌受到广大学者的关注。中华绒螯蟹螺原体(Spiroplasma eriocheiris)能导致中华绒螯蟹(又称河蟹)患“颤抖病”,严重影响了水产养殖业的发展。王文等进一步证实了中华绒螯蟹螺原体不仅是河蟹“颤抖病”的致病菌,也是克氏原螯虾(Procambarus clarkii)、南美白对虾(Penacus vannamei)、罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)和日本沼虾等水生甲壳动物的致病菌。日本沼虾缺少免疫球蛋白,其防御机制完全依赖先天性免疫系统,C型凝集素作为一类很重要的免疫因子被大家所熟知。同时凝集素作为糖结合蛋白,可以用来筛选糖基化蛋白。本论文首先从日本沼虾中筛选了三种C型凝集素,并通过基因克隆、序列分析、体外蛋白表达以及其功能特征,研究了其免疫抗菌机制。其次通过Far-western技术筛选了三种与C型凝集素相互作用的螺原体糖基化蛋白,并对其进行体外重组表达、多克隆抗体制备,MTT细胞毒性实验等进一步研究了凝集素的抗菌能力和在螺原体侵染过程中的作用。本论文具体的实验研究内容将从以下三个方面开展:1. C型凝集素的序列特性及功能研究本部分实验从日本沼虾得到三种C型凝集素,命名为MnCTLDcp1、MnCTLDcp2、MnCTLDcp3,通过序列分析得知这三种C型凝集素均含有特征性CTLD结构域。RT-PCR结果显示MnCTLDcp1和MnCTLDcp2均在心脏中表达量最高,MnCTLDcp3在肝胰腺中有最高的表达量。细菌刺激后三种凝集素表达量迅速上调并且在一定时间内达到最大值,将靶基因沉默后再用嗜水气单胞菌刺激,其表达量明显下调,说明三种C型凝集素参与了日本沼虾的抗菌反应。另外,体外重组表达的凝集素可以凝集并结合不同的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌,这些实验结果说明了 C型凝集素在日本沼虾的先天性免疫反应中发挥着非常重要的作用。2. C型凝集素筛选螺原体糖基化蛋白本实验先提取螺原体总蛋白,经过SDS-PAGE胶分离后再转移到PVDF膜上,再用三种重组C型凝集素分别孵育,经TMB显色之后,与对照相比找出差异的条带进行质谱分析,即筛选了与C型凝集素相互作用的三种螺原体糖基化修饰蛋白,分别为ATP合酶β亚基(ATP synthase subunit beta)、分子伴侣DnaK(molecular chaperone DnaK)、果糖-二磷酸醛缩酶(fructose-bisphosphate aldolase)。以筛选得到的三种螺原体糖基化蛋白为主要研究对象,对其进行基因克隆、体外原核表达,得到三种纯化的重组蛋白。通过Far-western技术体外验证了螺原体糖基化蛋白和C型凝集素的相互作用,结果显示三种糖基化蛋白与MnCTLDcp3的结合效果最好,与MnCTLDcp1的结合能力最弱。3.螺原体糖基化蛋白功能特性研究在本部分实验中,选取MnCTLDcp3进行S2细胞共转染和免疫共沉淀技术再次验证了其与三种糖基化蛋白的相互作用,实验结果与预想结果一致。另外,对三种螺原体糖基化蛋白进行多克隆抗体制备,并验证了它们在细胞膜上均有大量分布。MTT细胞毒性实验中通过用抗体将螺原体包被削减了其侵染力从而使细胞有更好的存活率,进一步验证了螺原体侵染宿主的过程中,螺原体糖基化蛋白发挥了至关重要的作用,为今后研究其侵染机制奠定了扎实的基础。

肖腾伟[6](2016)在《甲硫氨酸亚砜还原酶在水稻响应过量铜和甲基紫精诱导的氧化胁迫中的作用》文中进行了进一步梳理铜(Cu)是植物生长发育所必需的营养元素之一,当其过量时会对植物造成严重的伤害,同时也是对环境造成严重污染的元素之一。由于铜的氧化还原特性,能够通过Fenton反应产生如O2·-、H2O2和OH·等活性氧(ROS)。甲硫氨酸(Methionine,Met)作为一种含硫氨基酸,构成了蛋白质和多肽,但当细胞内活性氧含量增高时,甲硫氨酸极易被氧化成为甲硫氨酸-R,S-亚砜(Methionine-S,R-Sulfoxide,Met-S,R-SO),是蛋白质失活的重要原因之一。甲硫氨酸亚砜还原酶(Methionine Sulfoxide Reductase,MSR)可以特异性地还原生物体内的MetSO为Met。生物体内MSR主要存在MSRA和MSRB两个类型,分别特异性还原Met-S-SO和Met-R-SO。本实验室前期采用2D-PAGE技术,发现Cu处理可引起水稻甲硫氨酸亚砜还原酶(OsMSR)的表达量显着上调,表明OsMSR可能与水稻耐铜性有关。OsMSRA4.1和OsMSRB5是OsMSR的两种亚型,同属一个蛋白家族。本实验通过RT-PCR技术克隆获得水稻OsMSRA4.1和OsMSRB5基因完整编码区,全长分别为792 bp和411 bp,编码263个和137个氨基酸。序列分析表明,它们在单子叶植物中同源性较高,且高度保守。在基于转录水平的表达模式分析下,这些基因在水稻叶片组织中表达量远高于其他组织,铜和甲基紫精(MV)胁迫会导致它们的表达模式发生变化,能在一定范围被诱导表达。本实验构建2个目的基因与绿色荧光蛋白(GFP)基因融合载体,分别在洋葱表皮和水稻原生质体进行瞬时表达,亚细胞定位分析表明OsMSRA4.1和OsMSRB5分别定位在质体和细胞质,其中OsMSRB5还在细胞核中有较高的表达,可以发现细胞区域化分工明显。本实验还纯化了 OsMSRB5重组蛋白,进行了体外酶活力测试,以DTT作为电子供体,我们发现该重组蛋白能够特异性还原Met-R-SO,同时对MetSO的衍生物Dabsyl-MetSO也具有还原能力,说明OsMSRB5不仅对游离态Met-R-SO的底物具有较高的催化活性,而且还可还原蛋白结合态的MetSO。为了研究OsMSRA4.1和OsMSRB5的生理功能,本文以T-DNA插入水稻的缺失突变体为osmsra4.1和osmsra5实验材料,在铜胁迫和MV处理下,比较其与野生型水稻之间的生理差异。结果显示,铜胁迫和MV介导的氧化胁迫均能导致osmsra4.1和osmsrb5体内积累H2O2程度高于野生型。MV和铜胁迫均能导致水稻叶绿素含量下降,且突变体下降程度更深。同时还发现osmsra4.1突变体与野生型相比,地上部和地下部铜含量相当,可能还较低些。在两种胁迫下,突变体的生长状况均较野生型差,根系细胞膜完整性也较低。

张旭,石晶瑜,周坤福,王明艳,詹王秦,许冬青[7](2000)在《果蝇中wa的调控基因Doa的发现及其功能特征研究》文中指出在果蝇中 ,调控基因Doa使wa 果蝇的眼色变深 ,对white的等位基因表达具有特异性 .Doa与其它调控基因的调控是独立的 ,并具有累加效应 ,初步定位于 98F1位置

张旭,彭先步,陈宜峰,吴雷[8](1993)在《果蝇中E(wa)的功能特征的研究》文中研究表明果蝇中,wn 是由于转座因子 copia 对红眼基因的第二内含子的插入造成的,表型为杏黄色眼。调控基因 E(wn)影响着 wn 的表达而使 wn 果蝇眼色变浅.我们用γ射线诱变得到一个 E(wn)的回复子,纯合致死,致死作用发生在幼虫期。在红眼基因的十一个等位基因中,E(wn)只影响 wn、wn4、wn、wnp55、wnRM和 wnR844的表达,它们均为红眼基因的转座因子的插入突变等位基因。但 E(wn)R 对这些等位基因同时失去调控作用.E(wn)与 wn 的其它调控基因 su(wn),su(f)和 Doa 对 wn 表达的调控是独立的。E(wn)初步定位于第二染色体右臂的59F—60B的位置。

二、果蝇中w~a的调控基因Doa的发现及其功能特征研究(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、果蝇中w~a的调控基因Doa的发现及其功能特征研究(论文提纲范文)

(1)厚壳贻贝肌肽代谢相关基因的表达研究及转录组分析(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
第一章 综述
    1.1 引言
    1.2 肌肽及其同系物的发现
    1.3 肌肽及其同系物的分布
        1.3.1 HCD在哺乳动物中的分布
        1.3.2 HCD在其他非哺乳动物中的分布
        1.3.3 HCD在动物不同组织中的分布
    1.4 肌肽的生理功能
        1.4.1 酸碱平衡调节及缓冲活性
        1.4.2 肌肽的金属离子螯合活性
        1.4.3 肌肽的抗氧化活性
        1.4.4 肌肽抑制蛋白质的羰基化和糖基化
    1.5 肌肽的其他生理学作用
        1.5.1 肌肽在骨骼肌中的功能
        1.5.2 肌肽在脑中的作用
        1.5.3 肌肽在心血管中的作用
    1.6 参与肌肽代谢的酶和转运蛋白
        1.6.1 肌肽合成酶
        1.6.2 肌肽N-甲基转移酶
        1.6.3 肌肽酶
        1.6.4 肌肽转运蛋白
    1.7 β-丙氨酸补充对生物机体的影响
    1.8 本论文研究目的与意义
第二章 厚壳贻贝中组氨酸二肽的含量测定
    2.1 材料与方法
        2.1.1 OPA法测定厚壳贻贝各组织中组氨酸二肽含量
        2.1.2 OPA法检测注射β-丙氨酸后组氨酸二肽含量变化
        2.1.3 氨基酸分析仪检测贻贝各组织肌肽含量及注射β-丙氨酸后组氨酸二肽含量变化
    2.2 结果
        2.2.1 OPA法测定贻贝各组织中组氨酸二肽含量
        2.2.2 氨基酸分析仪测定贻贝各组织中组氨酸二肽含量
        2.2.3 注射β-丙氨酸后厚壳贻贝各组织肌肽含量变化
    2.3 讨论
第三章 肌肽代谢相关酶的基因表达分析
    3.1 实验样品
    3.2 材料与方法
        3.2.1 RNA提取
        3.2.2 RNA逆转录
        3.2.3 实时荧光定量PCR
    3.3 氨基酸序列生物信息学分析
    3.4 厚壳贻贝全组织肌肽合成酶和肌肽酶酶活力测试
    3.5 结果
        3.5.1 五种基因的组织表达差异
        3.5.2 注射β-丙氨酸后不同时间点五个组织中基因表达量变化
        3.5.3 厚壳贻贝全组织肌肽合成酶与肌肽酶酶活结果
        3.5.4 氨基酸序列生物信息学分析
    3.6 讨论
第四章 厚壳贻贝注射β-丙氨酸后比较转录组学
    4.1 材料与方法
        4.1.1 实验处理
        4.1.2 RNA提取,cDNA文库构建和IIIumina测序
        4.1.3 重新组装和注释
        4.1.4 差异基因表达分析
        4.1.5 定量实时PCR(qRT-PCR)验证
    4.2 结果
        4.2.1 转录组序列汇编和功能注释
        4.2.2 GO、COG和 KEGG功能分类
        4.2.3 差异基因(DEGs)表达分析
        4.2.4 qRT-PCR验证分析
    4.3 讨论
结论
附图
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文及研究成果

(2)柑橘木虱气味结合蛋白和化学感受蛋白功能(论文提纲范文)

摘要
abstract
1 前言
    1.1 昆虫的嗅觉系统
    1.2 昆虫OBP和CSP研究进展
        1.2.1 气味结合蛋白OBP研究进展
        1.2.2 化学感受蛋白CSP研究进展
    1.3 柑橘木虱嗅觉系统与嗅觉识别研究
    1.4 柑橘木虱OBP和CSP的研究进展
    1.5 研究思路
        1.5.1 研究的目的与意义
        1.5.2 研究内容
2 柑橘木虱OBP与CSP的全基因组鉴定
    2.1 材料与方法
        2.1.1 数据来源
        2.1.2 柑橘木虱OBP和CSP家族基因基于全基因组上的鉴定
        2.1.3 柑橘木虱OBP和CSP蛋白特征预测分析
    2.2 结果与分析
        2.2.1 柑橘木虱OBP和CSP基因组鉴定
        2.2.2 柑橘木虱OBP和CSP家族基因的理化性质预测分析
    2.3 讨论
3 柑橘木虱OBP与CSP在不同组织与不同时期的表达分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 供试昆虫
        3.1.2 实验试剂及试剂盒
        3.1.3 实验仪器
        3.1.4 总RNA的抽提和cDNA的合成
        3.1.5 柑橘木虱嗅觉感受基因的qPCR研究
    3.2 结果与分析
        3.2.1 柑橘木虱各个样品的RNA提取
        3.2.2 不同组织部位的表达分析
        3.2.3 不同发育阶段的表达分析
    3.3 讨论
4 柑橘木虱气味结合蛋白和化学感受蛋白的原核表达以及蛋白纯化
    4.1 材料与方法
        4.1.1 主要菌株、试剂盒、试剂以及主要仪器
        4.1.2 培养基和溶液配制方法
        4.1.3 柑橘木虱CSPs和OBPs基因的克隆
        4.1.4 柑橘木虱OBP和CSP原核表达载体的构建
        4.1.5 柑橘木虱CSP和OBP重组蛋白的原核表达
        4.1.6 柑橘木虱重组蛋白的纯化
        4.1.7 柑橘木虱CSPs和OBPs重组蛋白的融合标签切除
    4.2 结果与分析
        4.2.1 RNA抽提结果检测
        4.2.2 DcitOBPs和DcitCSPs的PCR扩增
        4.2.3 蓝白斑筛选以及阳性克隆菌PCR
        4.2.4 原核表达载体的构建
        4.2.5 DcitOBPs和DcitCSPs重组蛋白诱导表达条件结果分析
        4.2.6 DcitOBPs和DcitCSs重组蛋白表达纯化结果
    4.3 讨论
5 柑橘木虱气味结合蛋白和化学感受蛋白的结合能力功能分析
    5.1 材料与方法
        5.1.1 蛋白样品和所用试剂
        5.1.2 所用仪器
        5.1.3 蛋白样品与荧光探针1-NPN的饱和结合实验
        5.1.4 重组蛋白与特定化合物的结合特性分析
        5.1.5 重组蛋白检索和三维结构预测
    5.2 结果与分析
        5.2.1 DcitOBPs和DcitCSPs与荧光探针的饱和结合实验
        5.2.2 14种气味配基的竞争结合结果
        5.2.3 蛋白三维建模
        5.2.4 重组蛋白与不同气味化合物的分子对接
    5.3 讨论
6 全文总结
    6.1 嗅觉相关基因鉴定以及不同发育阶段和不同组织的表达分析
    6.2 柑橘木虱DcitOBP和DcitCSP的功能分析
参考文献
致谢
附录
攻读硕士学位期间取得的研究成果

(3)不同类氨基酸的特性对蛋白质折叠速率的影响及内含子的相互匹配特征研究(论文提纲范文)

摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
    1.2 研究背景
        1.2.1 蛋白质折叠速率
        1.2.2 内含子
        1.2.3 微小非编码RNA
        1.2.4 长非编码RNA
        1.2.5 环状RNA
    1.3 本文主要工作
第二章 研究方法
    2.1 蛋白质氨基酸序列与RNA序列的获得
    2.2 氨基酸约化分类
    2.3 相对氨基酸使用度RAAU
    2.4 局域相似性比对
    2.5 最佳匹配频数分布
第三章 不同类氨基酸的使用度对蛋白质折叠速率的影响
    3.1 统计分析
    3.2 结果
        3.2.1 相对氨基酸使用度与蛋白质折叠速率之间的相关性分析
        3.2.2 不同类氨基酸的使用度与相应蛋白质折叠速率ln(kf)值之间的相关性分析
    3.3 结论
第四章 内含子之间的相互匹配特征分析
    4.1 统计分析
    4.2 结果
        4.2.1 第一内含子序列分布特征
        4.2.2 最佳匹配片段分布特征
        4.2.3 第一内含子最佳匹配片段相对位置分布
    4.3 结论
第五章 总结与展望
    5.1 工作总结
    5.2 展望
参考文献
致谢
攻读硕士期间科研情况

(4)水稻抗旱相关小RNA的鉴定及差异表达分析(论文提纲范文)

摘要
abstract
英文缩略表
第一章 引言
    1.1 植物miRNA研究概况
        1.1.1 miRNA的发现
        1.1.2 miRNA的生物合成
        1.1.3 miRNA的作用机制
    1.2 植物microRNA的鉴定与研究
        1.2.1 通过正向遗传学鉴定miRNA
        1.2.2 miRNA基因的计算预测
        1.2.3 高通量测序技术鉴定miRNA
    1.3 miRNA的生物学验证
    1.4 miRNA靶基因的预测及验证
    1.5 MicroRNA功能的研究进展
        1.5.1 miRNA与植物发育
        1.5.2 miRNA参与植物适应逆境胁迫的过程
    1.6 材料研究进展
    1.7 本研究的意义
第二章 产量相关性状调查及生理指标分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 实验方法
    2.2 结果与分析
        2.2.1 IR64和DK151在水田和旱田条件下的农艺性状及产量表现
        2.2.2 IR64和DK151在水田和旱田条件下的生理指标分析
    2.3 小结
第三章 small RNA的深度测序及生物信息学分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 植物材料
        3.1.2 小RNA文库构建和测序
        3.1.3 数据处理与分析
    3.2 结果与分析
        3.2.1 总RNA的提取及高通量测序
        3.2.2 生物信息学分析
        3.2.3 候选miRNA的预测
        3.2.4 生物信息学预测靶基因及靶基因注释
    3.3 小结
    3.4 讨论
第四章 水稻抗旱候选miRNA的表达差异分析及靶基因验证
    4.1 实验材料与方法
        4.1.1 实验验证候选miRNA
        4.1.2 分析与验证miRNA的靶基因
    4.2 结果与分析
        4.2.1 候选miRNA的qRT-PCR验证
        4.2.2 靶基因验证
        4.2.3 靶基因的差异表达分析
        4.2.4 靶基因的功能分析
    4.3 小结
    4.4 讨论
        4.4.1 候选miRNA的确定和表达分析
        4.4.2 靶基因的探讨
        4.4.3 靶基因的表达差异分析
        4.4.4 靶基因的功能分析
第五章 抗旱候选miRNA转基因植株的获得
    5.1 实验材料与方法
        5.1.1 实验材料
        5.1.2 载体与菌株
        5.1.3 引物
        5.1.4 实验方法
    5.2 结果与分析
        5.2.1 转基因材料的获得
    5.3 结果
    5.4 讨论
第六章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历

(5)日本沼虾C型凝集素及其配体螺原体糖基化蛋白的功能研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 日本沼虾研究概述
        1.1.1 日本沼虾形态特征及生活习性
        1.1.2 日本沼虾养殖现状及面临的问题
    1.2 螺原体的研究进展
        1.2.1 螺原体的分类地位及生物学特征
        1.2.2 螺原体的寄主范围
    1.3 先天性免疫的研究概述
        1.3.1 对先天性免疫的初步认识
        1.3.2 甲壳动物的先天性免疫系统
    1.4 凝集素的研究进展
        1.4.1 凝集素的简述
        1.4.2 凝集素的发现历程
        1.4.3 凝集素的功能研究
        1.4.4 甲壳动物凝集素的基本概况
        1.4.5 总结
    1.5 糖基化蛋白的功能研究
    1.6 本论文的主要研究目的、内容、意义以及技术路线
第2章 日本沼虾C型凝集素(MnCTLDcp1)的功能特性研究
    2.1 实验材料
        2.1.1 实验动物、细菌
        2.1.2 主要的实验器材和设备
        2.1.3 主要试剂
    2.2 实验方法
        2.2.1 日本沼虾cDNA获取
        2.2.2 基因克隆
        2.2.3 序列分析和系统进化分析
        2.2.4 凝集素细菌刺激的表达模式分析
        2.2.5 重组质粒原核表达与纯化
        2.2.6 重组蛋白的糖结合
        2.2.7 重组蛋白的细菌凝集和多糖竞争性抑制实验
        2.2.8 重组蛋白的细菌结合和多糖竞争性抑制实验
        2.2.9 MnCTLDcp1基因干扰
    2.3 实验结果
        2.3.1 MnCTLDcp1的基因克隆和序列分析
        2.3.2 多序列比对和系统进化树分析
        2.3.3 MnCTLDcp1的时空表达模式
        2.3.4 MnCTLDcp1的重组表达和纯化
        2.3.5 MnCTLDcp1重组蛋白的糖结合活性分析
        2.3.6 MnCTLDcp1重组蛋白的凝集活性分析
        2.3.7 MnCTLDcp1结合细菌的活性
        2.3.8 MnCTLDcp1基因干扰后嗜水气单胞菌侵染的影响
    2.4 讨论
第3章 日本沼虾C型凝集素MnCTLDcp2、MnCTLDcp3的功能特性研究
    3.1 实验材料
        3.1.1 实验细菌
        3.1.2 主要器材、设备
        3.1.3 主要试剂
    3.2 实验方法
        3.2.1 日本沼虾cDNA获取
        3.2.2 基因克隆
        3.2.3 序列分析和系统进化分析
        3.2.4 凝集素细菌刺激的表达模式
        3.2.5 体外重组质粒原核表达及纯化
        3.2.6 体外重组蛋白的细菌凝集
        3.2.7 MnCTLDcp2和MnCTLDcp3基因干扰
    3.3 实验结果
        3.3.1 MnCTLDcp2和MnCTLDcp3的基因克隆和序列分析
        3.3.2 多序列比对和系统进化树分析
        3.3.3 MnCTLDcp2和MnCTLDcp3在mRNA水平上的表达模式
        3.3.4 MnCTLDcp2和MnCTLDcp3的重组表达和纯化
        3.3.5 MnCTLDcp2和MnCTLDcp3重组蛋白的凝集活性分析
        3.3.6 MnCTLDcp2和MnCTLDcp3基因干扰后嗜水气单胞菌侵染的影响
    3.4 讨论
第4章 利用凝集素筛选螺原体糖基化蛋白及功能研究
    4.1 实验材料
        4.1.1 实验细菌
        4.1.2 主要仪器设备
        4.1.3 主要试剂
    4.2 实验方法
        4.2.1 凝集素与螺原体的结合活性实验
        4.2.2 螺原体刺激的表达模式
        4.2.3 Far-Western筛选凝集素与螺原体互作蛋白
        4.2.4 筛选的糖基化蛋白基因克隆、体外表达纯化
        4.2.5 Far-Western验证凝集素与螺原体糖基化蛋白的相互作用
        4.2.6 免疫共沉淀实验(Co-Immunoprecipitation,Co-IP)
        4.2.7 糖基化蛋白多克隆抗体制备
        4.2.8 S2细胞毒性实验(MTT实验)
    4.3 实验结果
        4.3.1 螺原体刺激的表达模式
        4.3.2 螺原体与MnCTLDcp1的结合作用
        4.3.3 Far-Western筛选螺原体糖基化蛋白
        4.3.4 螺原体糖基化蛋白质谱分析结果
        4.3.5 三种螺原体糖基化蛋白的体外表达及纯化
        4.3.6 Far-Western体外验证凝集素与糖基化蛋白的相互作用
        4.3.7 免疫共沉淀验证凝集素与糖基化蛋白的相互作用
        4.3.8 多克隆抗体效果验证
        4.3.9 螺原体糖基化膜蛋白的验证实验
        4.3.10 螺原体糖基化蛋白的细胞毒性实验
    4.4 讨论
第5章 结论
    5.1 三种C型凝集素的特性功能研究
    5.2 利用C型凝集素筛选螺原体的糖基化蛋白以及基因克隆、蛋白表达纯化
    5.3 螺原体糖基化蛋白的功能研究
参考文献
在读期间发表的学术论文及研究成果
获奖
致谢

(6)甲硫氨酸亚砜还原酶在水稻响应过量铜和甲基紫精诱导的氧化胁迫中的作用(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
缩略语
第一章 文献综述
    第一节 重金属铜对植物的毒害现象
        1 重金属铜抑制植物生长和生殖
        2 重金属铜影响植物呼吸作用
        3 重金属铜影响植物光合作用
        4 重金属铜影响酶活性
    第二节 植物对过量重金属酎性机制
        1 排斥机制
        1.1 根系分泌物和细胞壁的沉淀螯合作用
        1.2 细胞膜的选择调节作用
        2 积累机制
        3 抗氧化机制
    第三节 甲疏气酸亚取还原酶的研宄进展
        1 甲硫气酸亚砜还原酶的分类
        1.1 A型甲硫氨酸亚砜还原酶
        1.2 B型甲硫氨酸亚砜还原酶
        1.3 fR型甲硫气酸亚砜还原酶
        2 甲硫氨酸亚砜还原酶基因家族的成员
        2.1 基因家族成员及其定位
        2.2 基因家族成员及其定位
        3 甲硫氨酸亚砜还原酶的催化机制和电子供体
        4 甲硫氨酸亚砜还原酶基因的表达模式及功能
        5 铜胁迫下水稻甲硫氨酸亚砜还原酶的研究意义
第二章 OsMSRA4.1和OsMSRB5的克隆及表达
    1 材料与方法
        1.1 植物材料
        1.2 水稻的培养和处理
        1.3 水稻总RNA的提取、反转录合成cDNA
        1.4 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因的克隆
        1.4.1 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因的 RT-PCR 扩增
        1.4.2 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因目的片段回收
        1.4.3 DH5ct大肠杆菌感受态的制备
        1.4.4 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因连接、热激转化和培养
        1.4.5 筛选单克隆菌落培养、菌液PCR验证
        1.4.6 测序并比对、保藏菌株
        1.5 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因的qPCR扩增
        1.5.1 铜和MV胁迫处理、取样
        1.5.2 qPCR分析OsMSRA4.1和OsMSRB5基因的表达模式
    2 结果与分析
        2.1 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因的克隆及序列分析
        2.2 OsMSRA4.1和0sMSRB5氨基酸序列比较及进化树分析
        2.3 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因的表达模式
        2.3.1 OsMSRA4.1和OsMSRB5基因的组织表达模式
        2.3.2 铜处理对OsMSRA4.1和OsMSRB5基因表达的影响
        2.3.3 MV处理对OsMSRA4.1和OsMSRB5基因表达的影响
    3 讨论
第三章 OsMSRA4.1和OsMSRB5的亚细胞定位
    1 材料与方法
        1.1 植物材料与表达载体
        1.2 OSMSRA4.1和OsMSRB5亚细胞定位表达载体的构建
        1.2.1 适合亚细胞定位的OsMSRA4.1和OsMSRB5基因克隆
        1.2.2 双酶切、目的基因与亚细胞定位空载体连接
        1.2.3 目标载体质粒的大量提取
        1.3 基因枪介导目的基因转染洋葱表皮细胞
        1.3.1 DNA微弹的制备
        1.3.2 基因枪法转染洋葱表皮细胞
        1.4 水稻原生质体的提取及转染
        1.4.1 水稻原生质体的提取流程
        1.4.2 融合基因载体质粒转染水稻原生质体流程
        1.5 OsMSRA4.1和OsMSRB5的亚细胞定位的观察
    2 结果与分析
        2.1 构建OsMSRA4.1::GFP和OsMSRA4.1::GFP载体
        2.2 OsMSRA4.1和OsMSRB5在洋葱表皮细胞的定位
        2.3 OsMSRA4.1和OsMSRB5在水稻原生质体的定位
    3 讨论
第四章 OsMSRB5重组蛋白体外酶活力分析
    1 材料与方法
        1.1 菌株、表达载体
        1.2 OsMSRB5原核表达载体的构建
        1.3 OsMSRB5重组蛋白的表达和纯化
        1.3.1 转化大肠杆菌BL21菌株
        1.3.2 IPTG诱导OsMSRB5重组蛋白表达
        1.4 OsMSRB5重组蛋白的体外酶活力测试
        1.5 铜离子对OsMSRB5重组蛋白的体外酶活力影响
    2 结果与分析
        2.1 pET-30a(+)-OsMSRB5原核表达及重组蛋白纯化
        2.2 OsMSRB5重组蛋白的体外酶活力分析
        2.3 外源添加铜对OsMSRB5重组蛋白的体外酶活力的影响
    3 讨论
第五章 OsMSRA4.1和OsMSRB5的功能分析
    1 材料与方法
        1.1 植物材料
        1.2 水稻突变体材料的培养
        1.3 水稻OsMSRA4.1和OsMSRB5基因突变体的鉴定
        1.3.1 确定T-DNA插入的方式及位点
        1.3.2 鉴定引物的设计
        1.3.3 确定鉴定的引物组合
        1.3.4 突变体植株基因组DNA的提取
        1.3.5 “三引物”法鉴定突变体
        1.4 突变体的繁种
        1.5 OSMSRA4.1基因突变体的基因表达量分析
        1.6 铜和MV胁迫下野生型和突变体水稻的表型测验
        1.6.1 铜和MV处理
        1.6.2 铜处理对水稻生长的影响
        1.6.3 铜含量测定
        1.6.4 突变体与野生型叶绿素含量测定
        1.6.5 根系细胞质膜完整性的测定
        1.6.6 H2O2组织化学定位
    2 结果与分析
        2.1 水稻OsMSRA4.1和OsMSRB5基因突变体的鉴定
        2.2 OsMSRA4.1基因突变体的基因表达量分析
        2.3 铜和MV胁迫对水稻生长的影响
        2.4 铜胁迫下Hwayoung与Oswsra4.1的Cu含量测定
        2.5 铜和MV胁迫下野生型和突变体的叶绿素含量测定
        2.6 铜和MV处理对水稻根尖质膜完整性的影响
        2.7 铜和MV处理对H202积累的影响
    3 讨论
第六章 全文总结
参考文献
附表A 溶液配方
附表B 载体结构图
参加会议情况
致谢

四、果蝇中w~a的调控基因Doa的发现及其功能特征研究(论文参考文献)

  • [1]厚壳贻贝肌肽代谢相关基因的表达研究及转录组分析[D]. 潘晨. 浙江海洋大学, 2021
  • [2]柑橘木虱气味结合蛋白和化学感受蛋白功能[D]. 陈俊龙. 仲恺农业工程学院, 2019(07)
  • [3]不同类氨基酸的特性对蛋白质折叠速率的影响及内含子的相互匹配特征研究[D]. 郭春阳. 内蒙古师范大学, 2018(08)
  • [4]水稻抗旱相关小RNA的鉴定及差异表达分析[D]. 孙帆. 中国农业科学院, 2017(05)
  • [5]日本沼虾C型凝集素及其配体螺原体糖基化蛋白的功能研究[D]. 王英慧. 南京师范大学, 2017(02)
  • [6]甲硫氨酸亚砜还原酶在水稻响应过量铜和甲基紫精诱导的氧化胁迫中的作用[D]. 肖腾伟. 南京农业大学, 2016(04)
  • [7]果蝇中wa的调控基因Doa的发现及其功能特征研究[J]. 张旭,石晶瑜,周坤福,王明艳,詹王秦,许冬青. 内蒙古师大学报(自然科学汉文版), 2000(04)
  • [8]果蝇中E(wa)的功能特征的研究[J]. 张旭,彭先步,陈宜峰,吴雷. 南京师大学报(自然科学版), 1993(01)

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W〜在果蝇中的监管基因DOA的发现和功能表征
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